Le monastère de Sant Joan les Fonts date de 958 environ et il est voué à Sant Joan Baptista. Entre le XIe et le XVe siècle il était sous la tutelle de Sant Victor de Marsella. Il est ensuite passé sous la tutelle du monastère de Sant Pere de Besalú jusqu’en 1592, année où il est passé sous la tutelle de Sant Pere de Camprodon jusqu’à la fin du XIXe siècle.
Le cloître et les anciens bâtiments du complexe monacal furent sévèrement touchés par les tremblements de terre du XVe siècle jusqu’à tel point qu’ils furent démolis plus tard. Seule l’église, le seul bâtiment du monastère qui existe encore de nos jours, fut préservée.
L’église est de style roman à plan basilical rectangulaire et composée de trois nefs, une nef centrale et deux nefs latérales. À remarquer la grande abside et deux absidioles de chaque côté de l’abside centrale ; l’une d’entre elles disparut au XVIIIe siècle. À l’intérieur, il faut remarquer la décoration des chapiteaux, les fonts baptismaux du XIIe siècle et les différentes œuvres d’art exposées dans les nefs latérales parmi lesquelles il y a la réplique de la Majestat de Sant Joan les Fonts, une représentation du Christ en croix.
En 1982, il fut déclaré Bien Culturel d’Intérêt National par la Generalitat de Catalunya.